Správa železnic hledá po dobu oprav Negrelliho viaduktu náhradu za Masarykovo nádraží. Během dvouleté opravy železničního mostu budou muset být přesunuty konečné stanice linek z Kralup a Kladna na jiná pražská nádraží. Oprava nejstaršího pražského železničního mostu přes Vltavu z roku 1849 má začít v roce 2015.
Možných variant pro přesun cílových stanic je podle Správy železniční dopravní cesty více. Původně se uvažovalo o tom, že by se pro linku z Roudnice nad Labem a Kralup provizorně rozšířila nástupiště v pražských Bubnech, avšak toto řešení odmítla stavební správa i oblastní ředitelství, uvedl mluvčí. Druhou možností, kde příměstskou linku S5 ukončit, jsou Holešovice.
Podobně hledá správa železnic náhradní řešení pro kladenskou S6, jež může vést takzvaným pražským Semmeringem a končit na Smíchově, zajet na Knížecí nebo až na Hlavní nádraží. Problém se zavedením linky na Hlavní nádraží je však nedostatečná kapacita železničního mostu na Výtoni a podobné je to i s kapacitou křižování na Smíchovském nádraží. Další možností je vést linku po dosavadní trase a ukončit ji v Dejvicích, doplnil mluvčí Správy železniční dopravní cesty Jakub Ptačinský s tím, že o konečném řešení se ještě bude jednat.
Oprava historického Negrelliho viaduktu je součástí plánované modernizace trati na Kladno s odbočkou na pražské letiště, která bývá často označována jako rychlodráha. Součástí plánovaných oprav bude kromě výměny železničního svršku a spodku rozebrání dvou mostních oblouků na Štvanici, které poškodily povodně a jejichž stav označuje SŽDC za havarijní. Tyto oblouky budou rozebrány na jednotlivé kameny a očíslovány. Následně budou opět použity na stavbu nových oblouků. Podobným způsobem byl opravován Karlův most.
Po dokončení oprav a chystané modernizaci trati bude po viaduktu jezdit 12 párů vlaků za hodinu. S nejhustějším provozem SŽDC počítá u vlaků směřujících na letiště, které by přes něj mohly jezdit každých deset minut. Čtvrthodinový interval by měly mít vlaky směřující na Kladno a půlhodinový vlaky do Kralup. Ani během oprav provoz na Masyrykově nádraží nepřestane. Běžným způsobem budou odsud vypravovány vlaky na Kolín a ve směru na Lysou nad Labem.
