Vztahy mezi Českou republikou a Ruskem v posledních letech provázela řada diplomatických sporů, které výrazně ovlivnily vzájemné styky. Mezi nejvýznamnější patří odstranění sochy maršála Koněva v Praze, odhalení ruského podílu na výbuších ve Vrběticích, reakce Česka na ruskou invazi na Ukrajinu či spory o ruský majetek v ČR. Napětí eskalovalo i kvůli nedávným výhrůžkám ruských představitelů vůči senátorce Miroslavě Němcové. Tyto konflikty dokládají rostoucí napětí mezi oběma zeměmi a prohlubující se propast v jejich diplomatických vztazích.
Spor o sochu maršála Ivana Koněva - Socha v nadživotní velikosti byla v Praze 6-Bubenči odhalena v roce 1980. Po pádu komunistického režimu se objevila iniciativa žádající odstranění sochy. Koněv je kontroverzní postavou, především kvůli své roli při potlačení povstání v Maďarsku v roce 1956 a při krizi v Berlíně o pět let později. Socha byla několikrát popsána a pokreslena či přetřena narůžovo. Při 50. výročí srpna 1968 odhalila radnice Prahy 6 u sochy tabulku s doprovodným textem. Proti instalování tabulky protestovali velvyslanci Ruska a některých dalších zemí bývalého SSSR. Radnice Prahy 6 v čele se starostou Ondřejem Kolářem (TOP 09) v srpnu 2019 sochu zakryla, proti čemuž protestovala například ruská ambasáda, která krok označila za "opakované zneuctění památky vojáků Rudé armády padlých v bojích proti nacistům za svobodu Československa". Radnice Prahy 6 pak nechala začátkem dubna 2020 sochu odstranit. V květnu roku 2022 pražští zastupitelé odebrali Koněvovi čestné občanství. V říjnu 2023 se také dřívější Koněvova ulice v Praze 3 přejmenovala na Hartigovu.
Výbuch ve Vrběticích - V dubnu 2021 se mezi ČR a Ruskem se rozhořel diplomatický spor kvůli podezření na zapojení ruských zpravodajců do exploze muničního skladu ve Vrběticích v roce 2014, při které zahynuli dva lidé. Tehdejší premiér Andrej Babiš 17. dubna 2021 oznámil, že české bezpečnostní složky mají důvodné podezření na zapojení příslušníků ruské vojenské tajné služby GRU do výbuchů ve Vrběticích. Český vyšetřovací tým za strůjce vrbětických explozí považuje důstojníky tajné jednotky GRU Anatolije Čepigu a Alexandra Miškina. Praha kvůli kauze vyhostila 18 pracovníků ruské ambasády, kteří byli identifikováni jako členové ruských tajných služeb, Rusko vyhostilo 20 zaměstnanců české ambasády. Obě země také snížily počet pracovníků na ambasádách. Solidárně s ČR vyhostilo několik Rusů také Slovensko či pobaltské státy a Rumunsko. Moskva reagovala recipročním vypovídáním. Několik dalších zemí nabídlo Praze jinou diplomatickou podporu, Českou republiku podpořily i Spojené státy. Ruská vláda v květnu 2021 schválila seznam nepřátelských zemí, přičemž do něj zařadila jen Českou republiku a Spojené státy. Loni v dubnu kriminalisté z Národní centrály proti organizovanému zločinu (NCOZ) případ odložili. Policisté považují za prokázané, že výbuchy uskutečnili příslušníci ruské vojenské rozvědky GRU. Chtěli zabránit dodání munice do oblastí, kde provádělo Rusko vojenské operace. Protože se podezřelí pohybují v Rusku, které odmítlo s českou policií spolupracovat, nemohli kriminalisté zahájit jejich trestní stíhání.
Ruská invaze na Ukrajinu - V únoru 2022 Rusko zahájilo invazi na Ukrajinu a ruský útok vážně poškodil diplomatické vztahy Česka (i celé EU) s Ruskem a Běloruskem. Česká republika se plně postavila na stranu napadené země. ČR vedle vojenské pomoci a přijímání uprchlíků jako první členský stát EU plošně pozastavila vydávání víz pro občany Ruska, a to den po ruské invazi. Později jej Česko uvalilo také na běloruské občany, v obou případech s výjimkou humanitárních případů. Vláda rozhodla také o tom, že Rusové s platným schengenským vízem vydaným jakýmkoli členským státem EU, kteří cestují za účelem turistiky, sportu či kultury, nemohou od 25. října 2022 vstoupit na území České republiky. Po ruské invazi na Ukrajinu ČR také odvolala souhlas s provozem ruských konzulátů v Karlových Varech a Brně a zároveň pozastavila provoz českých generálních konzulátů v Petrohradě a Jekatěrinburgu. Jeden diplomatický pracovník ruského velvyslanectví v Praze byl 29. března prohlášen za nežádoucí osobu a musel opustit ČR. Ruské ministerstvo zahraničních věcí si poté předvolalo českého velvyslance v Moskvě Vítězslava Pivoňku, kterému ruská diplomacie mimo jiné sdělila, že "tento nepřátelský krok nezůstane bez odezvy". Rusko poté 13. dubna vyhostilo zástupce českého velvyslance v Moskvě.
Ruský majetek v ČR - V únoru 2023 ministerstvo zahraničí oznámilo, že předkládá vládě návrh na zrušení usnesení z let 1970 až 1982, kterými se svěřují nemovitosti Sovětskému svazu do bezplatného užívání k diplomatickým účelům. V polovině roku pak vláda zrušila devět usnesení ze 70. a 80. let, kterými se svěřily tehdejšímu Sovětskému svazu pozemky. Česko je nechce dál poskytovat bezplatně a bude žádat i navrácení bezdůvodného obohacení za poslední tři roky. Ministr zahraničí Jan Lipavský na dotaz ČTK vysvětlil, že tříletou lhůtu zvolil kabinet kvůli promlčecí době i období, po které podle něj Rusko využívá nemovitosti k jiným účelům. Mluvčí ruského ministerstva zahraničí Marija Zacharovová to o den později označila za vydírání. Podle ní požadavek českých úřadů, aby Rusko platilo i zpětně nájem za pozemky u svých diplomatických objektů v Česku, porušuje Vídeňskou úmluvu o diplomatických stycích z roku 1961. Ruská diplomacie pohrozila prostřednictvím mluvčí recipročními kroky. V polovině listopadu téhož roku vláda zařadila podnik pro správu ruského majetku v zahraničí, který spadá v Rusku přímo pod správu záležitostí prezidenta Ruské federace, na národní sankční seznam a rozhodla tím o zmrazení jeho majetku. Mluvčí Kremlu Dmitrij Peskov krok označil za nezákonný. Ruské ministerstvo zahraničí si kvůli tomu předvolalo zástupce velvyslance v Rusku Jiřího Čisteckého.
Ruské výhrůžky na adresu senátorky Miroslavy Němcové - Senátorka a bývalá předsedkyně Sněmovny Miroslava Němcová (ODS) čelí podle informací médií ze začátku února ostré kritice i výhrůžkám od představitelů Ruska kvůli falešnému příspěvku na síti X, který obsahuje výzvu k opětovné blokádě Leningradu. Smyšleným výrokem české političky se má podle ruské tiskové agentury TASS zabývat ruský vyšetřovací výbor, který řeší vážnou kriminalitu. Bývalý ruský prezident Dmitrij Medveděv označil Němcovou za "zlé zvíře" a "zdegenerované stvoření" a vyjádřil přání, aby "zahynula v krvavých vírech nového pražského jara". Premiér Petr Fiala, předseda Senátu Miloš Vystrčil (oba ODS) i další vládní politici vyhrožování Moskvy odsoudili a Němcové vyjádřili podporu. Sama Němcová označila příspěvek, který se na začátku února šířil nejen v ruských médiích a na sociálních sítích, za podvrh. K Medveděvovým výrokům senátorka na dotaz ČTK uvedla, že je komentovat nebude: "Výroky člověka, který pracuje s podvrženým textem, se seriózně komentovat nedají. Nikam by to nevedlo, o jeho motivaci nehodlám spekulovat," sdělila. Ministr zahraničí Jan Lipavský předal dnes po poledni ruskému velvyslanci v ČR Alexandru Zmejevskému protest proti výrokům na adresu senátorky Němcové (ODS). Česko se zastrašovat nenechá, uvedl v prohlášení zaslaném ČTK.
