Ještě než na kolejnice vyrazily parní lokomotivy, běhali mezi nimi koně. Koněspřežné dráhy vznikaly zkraje 19. století a jejich vozy se pohybovaly po lehkém svršku. "Koňka" snižovala dopravní náklady, protože kůň byl po kolejích díky snížení jízdních odporů schopen utáhnout těžší náklad než na formanském voze. Přesto éra těchto drah trvala krátce a brzy je vytlačila parostrojní železnice. V Evropě se koně s povozy na kolejích poprvé rozběhli mezi Českými Budějovicemi a rakouským Kerschbaumem v září 1828 poté, co 7. září 1824 obdržel českoněmecký dopravní inženýr František Antonín Gerstner privilegium ke stavbě a provozu "dřevěné a železné dráhy" spojující České Budějovice s Lincem, první (koněspřežní) železnice na evropské pevnině. Dráha sloužila hlavně k dovozu soli z hornorakouské Solné komory, doprava zboží po celé trati byla slavnostně zahájena 1. srpna 1832 a skončila 15. prosince 1872.
U kolébky této koněspřežky stál dávný plán na dopravní spojení řek Vltavy a Dunaje, doložený již z doby Karla IV. Během 18. století se objevovaly další návrhy, uspěl však jen Josef Rosenauer se Schwarzenberským kanálem (vystavěný v letech 1789-1793 a dobudovaný 1821-1822), který byl používán pro plavení dřeva.
V roce 1807 pověřili tímto úkolem profesora matematiky Františka Josefa Gerstnera. Ten projel celé území, kudy měl vodní kanál měl vést, a posléze navrhnul, aby namísto vodního kanálu postavili železnici. Její trasa měla směřovat z Lince k Jáchymovu mlýnu u Vyššího Brodu. Z Jáchymova mlýna do Českých Budějovic (a později do Prahy) měla být zesplavněna řeka Vltava. Přestože byl projekt přijat, k jeho realizaci kvůli napjatým poměrům v Evropě nedošlo.
Realizace projektu se ujal Gerstnerův syn František Antonín, profesor praktické geometrie na vídeňské polytechnice. V září 1824 obdržel privilegium ke stavbě a provozu "železné silnice" z Českých Budějovic do Lince na 50 let.
Musel však řešit technické obtíže, pramenící z nutnosti překonat prudká stoupání Šumavy. Jeho návrh byl velkorysý a na svou dobu moderní. Základní myšlenkou bylo stavět trať tak, aby neustále mírně stoupala. Zároveň ji navrhoval s ohledem na možné zavedení parního provozu v budoucnu.
Stavební práce byly zahájeny 28. července 1825 u Netřebic. Stavba postupovala pomalu, stále docházelo k překračování rozpočtu. Zkušební provoz na úseku České Budějovice - Edelsbrucká rokle začal v září 1827, 30. září 1828 byla zahájena pravidelná přeprava mezi Budějovicemi a Kerschbaumem.
Velkorysost projektu však znamenalo i množství náspů, mostů a dalších staveb, což železnici prodražovalo. Když stavba dospěla k rakouským hranicím, znepokojení investoři Gerstnera odvolali. Trať dostavěl Matthias Schönerer. Ten sice stavěl úsporněji, ale pro pozdější využití se trať kvůli příliš malým poloměrům oblouků nedala využít.
Doprava zboží po celé trati byla slavnostně zahájena 1. srpnba 1832, v květnu 1836 bylo zprovozněno pokračování koněspřežní železnice z Lince k solným dolům u Gmündenu. Náklady se solí nebo dřevem se zde převážely po celý rok, osobní doprava fungovala od května 1836.
Osobní vlak vyjížděl z Českých Budějovic v pět hodin ráno a po hodinové přestávce na oběd v Kerschbaumu dorazil do Lince v 19 hodin. Osobní doprava byla provozována od dubna do října. Cena jízdného byla v roce 1859 stanovena na 36 krejcarů za osobu a míli pro jízdu první třídou, 27 krejcarů za jízdu druhou třídou, za jízdu třetí třídou pak 18 krejcarů. Cesta nákladních vozů, přepravujících sůl, dřevo a uhlí, trvala až tři dny. Vozy vyjížděly z budějovického Pražského předměstí. Na 128 kilometrů dlouhé trati bylo deset stanic, z nichž šest bylo přepřahacích, v nichž se vyměňovaly koňské potahy.
Koleje se lišily od těch dnešních. Na pražcích, vzdálených od sebe necelé dva metry, byly upevněny podélné trámy a na nich přikovány tři metry dlouhé litinové kolejnice o rozchodu 1106 mm. Pražce spočívaly v kamenných stoličkách tvaru U, samostatných pro každou kolejnici.
Celá paráda ale přežila jen asi čtyři desítky let. Od roku 1868 se koňská dráha začala přestavovat na železniční trať o rozchodu 1435 mm pro provoz vlaků tažených parními lokomotivami. Poslední vlak tažený koňmi vyjel na trať v prosinci 1872 a o rok později se rozjely lokomotivy na celé trati z Budějovic do Lince.
Po zániku koněspřežní železnice byly její budovy a pozemky, pokud je nepřevzala do majetku lokomotivní depa, rozprodány. Převážně opuštěné objekty tak postupně chátraly.
V roce 1971 byla koněspřežka vyhlášena národní kulturní památkou. Při toulkách jihočeskou krajinou tak může turista ještě dnes narazit na náspy, můstky, propusti a jiné stavby, které byly součástí tratě, dochovalo se jich však jen poskrovnu. Ve strážním domku v budějovické Mánesově ulici je umístěna od roku 1992 expozice věnovaná památkám koněspřežní železnice ve městě.
