Prezident Miloš Zeman pogratuloval Alexandru Van der Bellenovi ke zvolení rakouským prezidentem. Získané hlasy podle Zemana svědčí o nadějích, které do něj Rakušané vkládají. Sdělil to mluvčí prezidenta Jiří Ovčáček. Reakce Zemana na výsledek voleb přišla až dva dny po volbách. V minulosti podpořil Van der Bellenova protikandidáta Norberta Hofera.
"Vážený pane prezidente, dovolte mi, abych Vám opětovně pogratuloval ke zvolení prezidentem Rakouské republiky," uvedl Zeman v telegramu. "Hlasy, které jste získal v opakovaném druhém kole prezidentských voleb a které oproti letošnímu květnu posílily Vaši podporu, svědčí o nadějích, které do Vás rakouský národ vkládá," dodal.
Uvedl, že s jeho předchůdcem Heinzem Fischerem ho pojilo dlouholeté přátelství. "Což se odráželo také v úrovni spolupráce našich zemí. Přál bych si, aby se i nám dvěma podařilo navázat na předchozí úspěchy a přispět k rozvoji vztahů mezi Českou a Rakouskou republikou," poznamenal Zeman.
Český prezident svou gratulaci novému rakouskému prezidentu poslal až dva dny po uzavření volebních místností v Rakousku, stejně jako po první prezidentské volbě, která byla následně zrušena.
V polovině září se Zeman na Pražském hradě setkal s Van der Bellenovým protikandidátem Hoferem, což někteří politici a komentátoři označili za zásah do rakouské volební kampaně. Zemana s Hoferem pojí například podobný pohled na migraci. Na začátku července také řekl, že v prvních volbách Hoferovi fandil, protože nemá rád strany zelených. Rakouské Zelené Van der Bellen v minulosti vedl.