Prvním příjemcem pupečníkové krve v České republice se stal 1. listopadu 1994 osmiletý chlapec s poruchou imunity, který zákrok podstoupil v pražské nemocnici v Motole. Transplantace pupečníkové krve znamenala ve své době velkou naději zejména pro pacienty bojující s onkologickým onemocněním krve. Krev novorozence, která zůstane po přerušení pupečníku v placentě, má podobné využití jako kostní dřeň, její výhodou je takzvaná imunitní nezralost, která způsobuje méně pozdějších komplikací.
První český pacient dostal pupečníkovou krev od sourozence, který se narodil v létě 1999, průběh zotavování chlapce byl komplikovaný, ale úspěšný. Později se tyto transplantace začaly realizovat i od nepříbuzenských dobrovolných dárců a pro tyto účely se začaly na světě budovat banky pupečníkové krve. V ČR začala banka pupečníkové krve fungovat v roce 1996 při Ústavu hematologie a krevní transfuze v Praze. Tato instituce dodnes uchovává štěpy pupečníkové krve.
S rozvojem lékařské vědy ale během uplynulých tří dekád význam transplantace pupečníkové krve klesl. A to poté, co lékaři dokázali bezpečně udělat takzvané haploidentické transplantace, kdy má dárce s pacientem jen poloviční shodu v tkáňových znacích z darované kostní dřeně. Tuto průlomovou metodu ÚHKT poprvé použil v roce 2014. Napůl shodnými jsou rodiče, děti a někteří ze sourozenců nemocného. Mezi příbuznými nebo v registru dárců kostní dřeně je dnes možné najít dárce téměř pro všechny pacienty.
